Sejarah PPI Lebanon berawal dari para pelajar Indonesia yang mulai banyak menuntut ilmu di Lebanon pasca perang yang terjadi pada pertengahan tahun 2006. Seiring dengan bertambahnya jumlah pelajar itulah, terdorong inisiatif untuk membentuk wadah para pelajar Indonesia di Lebanon. Sehingga Perhimpunan Pelajar Indonesia (PPI) Lebanon secara resmi dibentuk di Beirut pada 18 Agustus 2008. Sejak itulah perhimpunan ini menjadi wadah penyalur aspirasi dan kreatifitas, guna meningkatkan kualitas akademik dan non-akademik pelajar Indonesia di Lebanon.
Dalam persebarannya mahasiswa Indonesia di Lebanon tersebar ke beberapa kota besar di Lebanon. Tidak hanya berpusat di Beirut, kota-kota seperti Tripoli, Bekaa, Doha, hingga Nabatieh menjadi tempat belajar mahasiswa Indonesia di Lebanon. Dalam kegiatannya PPI Lebanon telah melaksanakan kegiatan yang bersifat akdemik hingga non-akademik seperti diskusi rutin bulanan, olahraga, social project kepada masyarakat Palestina dan Suriah, hingga terlibat dalam forum PPID Kawasan Timtengka dan Dunia.
Berikut kepengurusan. organisasi PPI Lebanon yang telah berjalan sejak tahun 2008 :
- Periode 2008/2010 : Aswab Mahasin As’ad – Global University, Beirut
- Periode 2010/2011 : Khoirul Anwar – Global University, Beirut
- Periode 2011/2012 : Nur Hidayat – Beirut Islamic University
- Periode 2012/2014 : Ahmad Munif – Global University, Beirut
- Periode 2014/2015 : Fikri Badjuber – Global University, Beirut
- Periode 2015/2016 : Nur Hamid Sholeh – Beirut Islamic University
- Periode 2016/2017 : Muhammad Ainur Rohim – Global University, Beirut
- Periode 2017/2018 : Hamid Hodir – Daawa University, Beirut
- Periode 2018/2019 : Oemar Syarif al-Atas – Beirut Islamic University, Akkar
- Periode 2019/2020 : Hamzah Assuudy Lubis – Tripoli University
- Periode 2020/2021 : Mujtahid Samad Abbas – Tripoli University
- Periode 2021/2022 : Dani SM Rabbani – Jinan University
Diperbaharui oleh : Irfan Afendi – Mahasiswa s1 Daawa University Beirut